1.媒體報導行政院吳揆指示成立單一窗口控管本案，接著秘書長林中森謂已喬好第三方案（繞道引廢水至國光石化冷卻用），復接著環署急排98-10-5、10-13開第五次審查。請環署、專案小組召集人、中科當局公開說明這到底是怎一回事？難不成政院不惜踐踏環評制度強行環委背書？若確有該事，則請諸環委公開抗議，並聲明環評之客觀專業不容染指；若無，則請斷然排除其他第三方案，不要突然迸出，或趁無異議者在場時暗中偷渡。
2.另需提醒，假若行政院硬要廢水繞道國光石化之第三方案，則建議暫擱置本案，俟國光石化案環評過關後再議，要不與國光石化併案聯審（但若如此規模超大，務必需先有全方位之總量管制與政策環評），理由在於：（一）第三方案之通過必需立基於國光石化開發案環評確已過關，但實際上其進度還落於本案之後，假若本案率先通過，將來國光石化案卻遭否決，後果無法收拾。（二）國光石化當局確能支持第三方案？技術上是否可行？（三）中科四期之廢水及其毒物不會憑空消失，繞來繞去最後還是需要處理。
3.有關廢水之排放現行開發單位僅列入舊濁水溪及新濁水溪二案，既然彰化、雲林縣府分別聲言絕不讓排入舊、新濁水溪，則除非環評會硬幹，否則已別無他途，建請早日退回該案，以免歹戲拖棚，無謂浪費各方精力。
4.歷來環評審查雖有現勘之安排，然主要還是著重於開發單位提供之書面資料。必需提醒：在書面資料中打滾極易發生避重就輕、誤導之情事，與實際狀況之落差常極大，因此事後動輒遭抗爭。本人曾參與98-3-19之現勘，知本屆環委僅一兩人曾參與，為求周延，建請再行安排現勘，範圍除擬開發區外，尚應涵蓋兩廢水排放專案之舊濁水溪、新濁水溪路線，與沿線、沿海農漁養殖業；若還考量繞道大城國光石化之第三案，則連該地亦應一併列入。
5.有關導電度危害農作物問題，開發單位引用「美國灌溉水質評斷指南」，並佐以一些其他資料，質疑國內灌溉水質標準導電度為750μS/cm過於嚴苛；且縱使如此，所測、所推估皆還不至於造成實質損害。惟國內相關法規「農田水利會灌溉水質監視作業規範」，
農田水利會灌溉水品質圖解為同樣引自美國之資料，裡面清楚顯示灌溉水質品質之優劣乃取決於電導度(EC) 與鈉吸著度(SAR)；且電導度750之鹽害（salinity hazard）恰介於中（medium）及頗高（high）中間，絕非無害，該重點開發單位為何避而不談，卻光舉一些有利之報告。此外，鈉害（sodium hazard）以SAR（sodium adsorption ratio）之高低來表現，不知為何卻從未曾被納入考量。不僅此，SAR還關係到土壤之良劣，且與水質電導度之高低與是否長期累積有關。科園區排放之廢水對於農作是否有危害，請另行評估長期下來水質與土壤之SAR，再做結論不遲。證以台中市西屯區永興宮前稻田遭中科廢水污染後減產、病蟲害增加或徒長，屢遭農民抗議等事實，可知長期來各科學園區之廢水不知導致多少農損，卻被環評之書面詭辯覆蓋遮蔽掉。
6.針對多位環委對水污指標物種之質疑，開發單位指稱「光電和半導體業的大宗製程化學品（包含光阻劑、去光阻劑、顯影劑和有機洗劑等）環境衝擊性未明朗，目前暫未列入放流水監測項目」。惟問題在於：該些大宗化學品使用量大，且隨廢水到處冒泡、嗆鼻、嗆眼，造成之污染肉眼可見、耳鼻可覺，雖云通過放流水標準，但民眾誰會相信？在如此大規模之開發，污染勢必倍增之情況下，不容以環境衝擊性未明輕鬆帶過，務必就個別加以監測、列管。
7.開發單位依據中科后里基地（后里、七星農場）健康風險評估之資料，推估出二林園區之致癌風險遠小於10-7，問題在於：后里基地健康風險評估案本身即有嚴重之瑕疵：（一）VOCs光採煙道排放之測值，卻漏掉由廠房或污水處理廠逸散之值，因而不免嚴重低估。且監測煙道乃採事先告知而非隨機監測，廠商當然不會傻至偷工減料；復且採樣地點為欲進駐廠商既設於竹科與中科大雅基地之廠房，在在皆難謂具代表性。
（二）漏掉評估水污染為當地及下游、沿海農漁養殖業帶來多少風險。
（三）刻意不估算后里既有之健康風險，如豐興鋼鐵、正隆紙廠、垃圾焚化廠等等。
（四）縱使已知有高達22％（15/68）之受測居民血中戴奧辛含量超過標準亦視而不見。似此極有可能光是既有之污染已讓后里負荷不了，還能承受中科之到來？建議重新修正中科四期之健康風險評估。
8.中科四期主為友達而開，請說明友達於竹科、龍潭基地、中科臺中基地、后里七星基地分別佔有多少面積，各還有多少空地，如今又為何非彰化二林不可？台島面積有限，友達以此速度耗長下去，國家受得了嗎？難不能從舊廠房改造？另中科如癌症轉移般到處開疆掠土，製造毒害，國家亦同樣受得了嗎？
9. 建請從產業政策面評估面板、半導體產業還能風光幾時？長此無限制耗下去能拼得過韓國、大陸？另請探討欲駐廠商之財務結構，是否在集團內交叉持股？又政府屢出面迫使銀行連貸、難道無以債養債之可能？萬一出問題，最後不免又由全民埋單，誰該負責？
10.針對洪振發委員「是否有第一、二、三期營運與開發對環境衝擊影響的檢討，與本期相關問題的比較檢討」質疑，開發單位回覆以：至目前為止並未發生環境污染事件，周邊地區環境品質現況並無明顯變化。上述說明可謂睜眼說瞎話，事實上中科前三期業已發生多次衝擊環境之污染事件，略述如下：（也可參考文中ＰＰＴ檔）
（一）牛稠坑溝自遭中科后里農場基地之廢水排入後，從此難見魚蝦，下游大甲溪畔養殖業者抱怨近期水質具咬皮刺激性，田螺多變銅綠色，蜆多畸形化。
（二）97年某日后里農場排入后里牛稠坑溝之廢水含有大量乳酪狀物質，雖經檢驗結果卻不了了之。
（三）中科后里農場專管放流入牛稠坑之廢水曾被當地農田水利會以「中途被抽排至后里圳一支線灌溉溝渠，造成下游農田污染」事實告發。
（四）台中市西屯區林厝灌排系統遭中科台中大雅基地污水處理廠排入廢水，造成水質污染、魚類生態劣化，名列全筏子溪流域之首。
（五）中科污水處理廠位於紅圳之放流水口與另二排水孔並存，肇致緊鄰住戶每年淹水數次，雖然中科當局曾花大筆錢於上游施設通天公園滯洪池，卻仍無濟於事。
（六）九七年卡玫基颱風分別造成中科三期后里、七星農場基地周遭大淹水；台中基地之連外道路及下水道工程亦於近筏子溪處潰決，損及周遭農田，事後不得不與復原。
（七）中科后里農場 DRAM 廠商瑞晶曾發生工地房舍未經處理之糞水就近排入溝渠而遭民眾抗議之烏龍事件。
（八）中科台中基地之廠商康寧與后里農場基地之瑞晶夜間噪音不時困擾周遭住戶，台中基地周遭幸經中市環保局劃為第二類區，瑞晶不得不配合改善。但后里卻因早經中縣環保局劃分為第三類區（理該第二類區），居民受害遂求助無門。
（九）九六年梅雨季，中科台中基地東大路、清泉路交界處路基、護岸嚴重流失，滾滾黃流最後注入筏子溪，造成下游淤積淹水，又要再度疏浚，卻由第三河川局買單。
（十）中科大雅基地 DRAM 廠商茂德常排放具惡臭之氣體困擾周邊住戶，某次居民報案，次日京華公司受命開來一監測車於地面測起來，結果為無異樣。居民為此大表不滿，質疑：吹南風時三樓高之住戶才會聞到臭味，但監測是日卻吹北風，復且又於地面監測，怎可能測出問題？公部門之種種作為事實上可謂僅在敷衍了事。
（十一）台中縣烏日鄉貓羅溪畔某一般廢棄物掩埋場曾有一批底泥，有謂來自中科某一面板基板廠。
（十二）中科台中基地友達廠房旁滯洪池跌水處常可見一大堆泡沫，特別是小雨後，中科當局既信誓旦旦保證絕無埋暗管偷排廢水之可能，那該說明到底是哪些化合物引致？來自何處？有無毒性？